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    VESTAによる節面を含む波動関数にXYZ軸を書き加えた3D描画
    節面を含む波動関数にXYZ軸を描き加えた画像

    VESTA Ver. 3.x.xを使うと、DV-Xα分子軌道法で計算した結果の波動関数が、ここまで三次元可視化できます。

    ・分子の棒球表示

    ・波動関数の等値表面図

    ・波動関数の節の等値表面図

    ・XYZ軸および軸ラベル(x, y, z)

    これらをすべて重ね描きできるのです。

    XYZ軸表示について、原子軌道を描いたものが以下に置いてありますので、よろしければご参照ください。

    s軌道, p軌道, d軌道, f軌道

    g軌道

    h軌道

    i軌道



  • Linux版dvscat

    現状で、計算用PCに使われているであろう環境のうち、残っていたLinuxについても、dvscatが動作することを確認しました。元々、Linuxサーバ上で正常に動作していましたのでほとんど問題ないとは思っていましたが、全く同じ環境で再コンパイルするだけでうまく動作することがわかりました。たぶん操作マニュアルは、最初の設定などを除けばMacOS X版とLinux版はほとんど同じになると思います。



  • Mac版dvscat

    ずいぶん以前にMkLinux版のdvscatを試作したことがありましたが、次の「はじめての電子状態」のために、Mac版を整備することになりました。MacOSはFreeBSDベースですので、Linuxサーバで使用しているシステムがほぼそのまま利用できます。ですので、Mac版を整備する=Linux版を整備することになり、たぶん、ほぼ同じ構成ででどちらも使えるようになる予定です。(実行ファイルは異なりますが)

    ただし、以前から問題になっていたのは、windows版にあるdvplotに対応するプログラムを用意しないといけないことでした。ずいぶん前には、SonyのワークステーションNEWSのX11上で動作するdvplotがありました。(これが最初の画面表示プログラムでした。)また、グラフテックのプロッターコマンドをHP-GLに変換して、PageMakerで読み込んで使う、という方法を取ったこともありました。今回は同じようなやり方なのですが、出力をPostScriptファイルに変換して利用することにしました。その結果、MacOS標準のプレビューで、またLinuxだとGhostViewなどで普通に読むことができるようになります。

    この図は、切り抜くためにjpgに変換した後のものを表示したところのスクリーンショットですが、contrもdosも同じように問題なく表示することができます。

    すでに、EduDVも移植が終わっていますので、Macintosh上でもwindows版とほぼ同じように計算できるようになりました。唯一、Displatだけは移植の予定がありませんので、結晶のクラスター計算でdisplatが必要な方はwindows版をお使いください。(displatは、次の版ではdisplat2になり、GUIで操作できるようになります。)ただ、次のバージョンでは、すべてIntel Fortranを使用してコンパイルする予定ですので、バイナリ互換性があるはずですので、Linuxサーバで計算したデータをwindowsやMacにそのままコピーして、作図などを行うことも可能になると思います。



  • VESTAによる節面を含む波動関数の3D描画

    昨日、DV−Xα研究協会spd部会を開催いたしました。その中で、VESTAによる3D表示された波動関数に、節面を加えることはできないだろうか、というご意見があり、参加者全員で試行錯誤したところ、最終的に以下のような図を作成することができました。

    Nd 4f軌道の波動関数ムービー (クリックすると開きます。)

     

    このような図は、これまであまり見たことがありませんが、ボリュームレンダリングなどによる波動関数の表示よりも、かえって軌道の広がりが分かりやすい図になっているように思います。原子だけでなく、分子軌道でも同様に表示ができ、これを使って分子の反応性などが議論できるのではないかと期待されます。

    NH3の分子軌道の波動関数のムービー (クリックすると動画が開きます)

    描き方については、近々、HP,ブログあるいはMLなどで公開する予定です。