DV-Xα法計算支援環境で計算する巨大分子の電子状態

β-エンドルフィンの静電ポテンシャルマップ
Electrostatic Potential Map of β-endorphin

DV-Xα法計算支援環境で、市販の書籍「パソコンで見る動く分子事典(Windows Vista 対応版)」(講談社ブルーバックス, 2007年)の添付DVD-ROMに収録されているMDL molファイルを読み込み、電子状態を計算、VESTAで静電ポテンシャルマップを三次元可視化してみました。

手順は以下の通りです。

  1. DV-Xα法計算支援環境(秀丸エディタ)でMDL molファイルを開く
  2. VESTAを起動、xyzフォーマットで保存
  3. DV-Xα法計算支援環境(秀丸エディタ)でxyzファイルを開く
  4. xyz2f01を起動
  5. MAKEF05SCFSを起動
  6. DVSCATを起動
  7. makeC04Dを起動
  8. CONTRDを起動
  9. VESTAを起動して、静電ポテンシャルマップを三次元可視化する

以下に、計算例を示します。

1. コエンザイムQ10(Coenzyme Q10)
原子数:153
原子軌道数:279
サンプル点数:418,000
総電子数:476
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50838451.html

2. カゼインホスホペプチド(casein phosphopeptide, CPP)
原子数:412
原子軌道数:848
サンプル点数:138,000
総電子数:1,658
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50838647.html

3. マイトトキシン(maitotoxin)
原子数:492
原子軌道数:976
サンプル点数:120,000
総電子数:1,838
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50838826.html

4. β-エンドルフィン(β-endorphin)
原子数:495
原子軌道数:986
サンプル点数:119,000
総電子数:1,856
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50839701.html

5. 没食子酸エピガロカテキン(Epigallocatechin gallate)
原子数:51
原子軌道数:117
サンプル点数:1,014,800
総電子数:238
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50839708.html

6. インドメタシン(indomethacin)
原子数:41
原子軌道数:94
サンプル点数:1,245,600
総電子数:186
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50839770.html

7. アデノシン三リン酸(Adenosine triphosphate)
原子数:47
原子軌道数:118
サンプル点数:981,400
総電子数:260
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50839794.html

8. テラバンシン(telavancin)
原子数:227
原子軌道数:478
サンプル点数:246,300
総電子数:928
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50839857.html

9. バンコマイシン(vancomycin)
原子数:176
原子軌道数:384
サンプル点数:308,100
総電子数:760
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50839871.html

10. ゲンタマイシン(gentamicin)
原子数:76
原子軌道数:142
サンプル点数:820,800
総電子数:260
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50839985.html

11. ミノサイクリン(minocycline)
原子数:60
原子軌道数:126
サンプル点数:935,300
総電子数:242
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50839988.html

12. アジスロマイシン(azithromycin)
原子数:124
原子軌道数:228
サンプル点数:511,300
総電子数:410
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50840351.html

13. α-アボパルシン(α-avoparcin)
原子数:237
原子軌道数:510
サンプル点数:232,900
総電子数:1,004
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50840358.html

14. ウミホタルルシフェリン(cypridina luciferin)
原子数:57
原子軌道数:117
サンプル点数:1,003,000
総電子数:216
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50840541.html

15. ルブレン(rubrene)
原子数:70
原子軌道数:154
サンプル点数:771,300
総電子数:280
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50840611.html

16. オキシトシン(oxytocin)
原子数:135
原子軌道数:279
サンプル点数:420,400
総電子数:536
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50840684.html

17. ディート(deet)
原子数:31
原子軌道数:59
サンプル点数:1,950,000
総電子数:104
http://blog.livedoor.jp/tgs0001/archives/50867571.html

計算は、Windows 7 のノートパソコン(ごく普通の家庭用)で行い、計算時間は十数分~数時間程度です。

DV-Xα法計算支援環境の使い方(インストールおよび環境構築の方法)については、「DV-Xα法計算支援環境 利用の手引き」をご参照ください。